2012年，安徽省采取七项措施进一步巩固完善新农合制度，全省参合率提高至99.5%。
      一是进一步提高政策性补偿比例。乡镇卫生院、县城一级（二级）医院、市级一级（二级）医院、城市三级医院的报销比例分别提高至85%、80%、75%、70%。
      二是继续推进按病种付费和重大疾病保障工作。全面推开耐多药肺结核等10个病种的大病保障工作，选择1/3左右的统筹地区开展I型糖尿病、甲亢、脑梗死、艾滋病机会性感染大病保障试点。同时，进一步提高试点病种的报销比例，重大疾病患者个人自付比例不超过30%。
      三是全面推进门诊和住院总额预算管理。7月1日起在全省二级以上新农合定点医疗机构全面启动住院总额预算管理。
      四是继续完善新农合信息系统。制定省立医院、省级新农合平台与国家新农合平台联通的实施方案，开发联通系统，实现省立医院与省平台联通、省级平台与国家平台的联通。继续完善省县平台系统功能和数据质量，配合公立医院及支付方式改革做好信息系统维护，在住院单病种付费基础上增加门诊按病种付费系统接口。研究制定《安徽省新农合信息系统运行维护服务指导意见》，启动全省虚拟专用网络和省级平台升级改造以及年度运行维护工作。
      五是开展季度分析、通报，对重点医疗机构实行约谈制度。每季度对全省新农合运行情况、各级各类医疗机构费用情况进行通报，对费用涨幅过大的医疗机构纳入重点监控范围，并提出整改要求。
      六是重点监控、暗访验收。通过深入分析各医疗机构结报数据及医疗行为，确定163家定点医疗机构为重点监控对象，纠正其违规诊疗行为，并会同医政处、省卫生监督所、省妇幼保健所及相关临床专家进行暗访验收，现场查看病房、手术室、治疗室、化验室等医疗设施，电话随访或入户走访出院病人，随机抽查住院及门诊新农合报销病人的病历。
     七是制定出台《县级公立医院门诊及住院诊察费新农合基金支付暂行办法》。要求各县级医院门诊诊察费新农合基金支付以参合出院人次数为基准，与住院药品及材料费控制情况挂钩，实行“总额控制、质量考核、按季结算”。